Shakshuka kun je, eenmaal afgekoeld, ongeveer 2 dagen in een afgesloten bakje in de koelkast bewaren. Eieren worden rubberachtig van textuur als je ze invriest, dus die invriezen is niet aan te raden. De tomaten-groentesaus kun je wel van tevoren maken en is in de vriezer maximaal 3 maanden houdbaar. Zorg ervoor dat er een laagje lucht overblijft in het bakje, zodat de saus bij het vriezen kan uitzetten zonder dat je diepvriesbakje barst. Warm de saus weer op door deze al roerend op laag vuur aan de kook te brengen in een koekenpan. Breek de eieren erboven en laat ze stollen in de saus.